La zona vaticana era un territorio staccato dalla città della riva sinistra e maggiornamente assoggettata alle invasioni degli eserciti barbarici prima e pro o contro il papa dopo. Strategicamente importante era il ponte di Castel Sant’Angelo che collegava la riva vaticana alla città di Roma testa di ponte per la conquista della città eterna. (il ponte che collegava la via triumphalis a Roma venne abbattuto dai romani proprio per ridurre i possibili attacchi dei barbari che, accampati sulla riva destra, assediavano la capitale.
Nell’846 e 849 orde dei saraceni convinse Carlo Magno e Lotario (re d’Italia) e il Papa Leone IV a fortificare la zona (le precedenti fortificazione di Leone III furono distrutte dai cittadini romani). Venne a formarsi così la cittadella Leoniana, fulcro religioso e politico che dal XV sec ad oggi ha subito continue trasformazioni. Le vie pricipali della città leoniana (verso Roma) erano la via dei portici (attuale via conciliazione da Castel Sant’Angelo collegava alla Basilica San Pietro) e una via, indicata nei documenti antichi come l’attuale Via di Borgo Santo Spirito, che collegava il porto maggiore che dava sul tevere, usato per lo scarico delle merci necessario a sostener le varie scholae. La via triumphalis attraversava la città leoniana e, passando affianco alla Chiesa e per la porta di Santo Spirito, portava a Trastevere. Questa strada era percorsa in particolare dai pellegrini che in occasione dei grandi giubilei (dopo l’edificazione del porto di Ripa - sec XIV) ai tempi di Papa Giulio II, che aveva provveduto a trasformare il nome della Via da Settimiana a Via della Lungara, arrivavano a Roma.
La Chiesa venne edificata da Papa Leone IV grazie ai soldi derivanti dalla tassa che Offa, successore di Ina, aveva imposto ai nobili el suo regno (remescot) e consacrò la Chiesa a Sancta Dei Genitrix (con l’aggiunta in Sassia). Il Papa inoltre aprì la porta di Santo Spirito. Il termine in Sassia passò presto al ponte neroniano (i cui resti sono ancora visibili quando il Tevere è più secco).
Dopo il 1066, quando con la battaglia di Hastings i normanni sconfissero i Sassoni, l’afflusso dei pellegrini sassoni si rudusse insieme con le offerte. L’intera Scola Saxonum incominciò a degradarsi.